数据可视化软件 Gephi 的基本使用

作者 Marlous 日期 2019-04-03
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数据可视化软件 Gephi 的基本使用

参考：
1、 Gephi 官方教程
2、 GEPHI中文教程
3、 Gephi 入门使用
4、 介绍用Gephi进行数据可视化
5、 Gephi网络图极简教程
6、 Gephi学习笔记-画出图形基本流程
7、 Gephi快速入门指南 PDF 文档
8、 使用Gephi分析论坛社交关系网络
9、 GEPHI – Introduction to Network Analysis and Visualization
10、 Gephi的实战又美观的运用 – 用社会关系图谱筛选作弊用户

一 概述

Gephi（0.9.2）常用来分析网络关系，如社交网络好友关系等。

二 数据文件构成

  1. 一份关系由节点和边两个表组成。节点表存放的是各个主体，边表存放的是主体之间的关系。
  • 节点：Id、Label、Interval、Modularity Class
  • 边：Source、Target、Type、Id、Label、Interval、Weight
  1. 解释：
  • Id：用来表明结点的实体
  • Source、Target：两个结点，值是节点中的 Id 值。
  • Type：有向或无向。
  • Label：可以是名字等，也可以与 Id 一样。
  • Weight：权值。

三 使用

  • 具体怎样使用可见教程（参考 7）。这里主要讲解下怎样收集数据、怎样将数据导入 Gephi，对数据格式有怎样的要求。
  • 补充：gephi安装好了，为何打不开？，找到 gephi 的安装路径，修改 etc 下的 gephi.conf 文件（记事本打开），将 jdkhome 的 # 号注释去掉，并设置 jre 的安装路径。如 jdkhome="C:\Program Files (x86)\Java\jdk1.8.0_172"。

1 CSV 文件

先新建项目。
CSV 文件

2 MySQL

MySQL

  1. 收集数据时数据库设计：
    以分析社交网络为例。分为两个表，一个表叫 Node，另一个叫 Edge。/ 然后写代码等方式收集数据写入数据库。
  • Node 表属性：Id、Label。分别为微博用户的唯一 id、微博用户名
  • Edge 表属性：Source、Target。分别为两个用户，表明两个用户间的关系。
  1. Gephi 进行分析时：
    使用 Gephi 连接 MySQL 时，节点查询语句 SELECT * from Node;，边查询语句为SELECT * from Edge;。

3 补充：设计数据库实例

使用 MySQL，设计两张表，用 MySQL 图形界面完成操作。

  1. 创建数据库：CREATE DATABASE weibo-friends-analysis;

  2. 好友关系表，因为要使用 Gephi 进行可视化分析，所以要注意表的设计。/ 以分析社交网络为例。分为两个表，一个表叫 Node，另一个叫 Edge。/ 然后写代码等方式收集数据写入数据库。

  • Node 表属性：Id、Label。分别为微博用户的唯一 id、微博用户名
  • Edge 表属性：Source、Target、Weight。分别为两个用户，表明两个用户间的关系。Weight 表示第几度人脉。
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CREATE TABLE `weibo-friends-analysis`.`node` (
  `id` VARCHAR(20) NOT NULL,
  `label` VARCHAR(32) NOT NULL,
  `gender` CHAR(1) NOT NULL,
  PRIMARY KEY (`id`));

CREATE TABLE `weibo-friends-analysis`.`edge` (
  `source` VARCHAR(20) NOT NULL,
  `target` VARCHAR(20) NOT NULL,
  `weight` INT(1) NOT NULL,
  PRIMARY KEY (`source`, `target`));

四 示例

Gephi 的处理操作

  • 导入是有中文，编码选 GB2312，导入第二个文件（edge.csv）时，记得选择添加到已存在的工作区。
  • 注意：边文件中的权值可以设置差异大些，这样在 Gephi 中可以容易看出自己（研究用户）的点
  • 背景颜色
  • 节点 - 颜色 - Ranking（度）
  • 节点 - 大小 - Ranking（度）
  • 边 - 颜色 - Ranking（权重）- 换个颜色
  • 边权重尺度
  • 找到自己的点
  • 格式刷（扩散可选没有、邻居）
  • 字体设置为微软雅黑
  • 调整好中心点的位置
  • 布局使用 Force Atlas（斥力 500），也可用其它布局
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